Pliki w systemie DOS mogą być zorganizowane w drzewiastą strukturę katalogów. Każdy dysk ma tzw. katalog główny, który oprócz plików może zawierać podkatalogi. Te z kolei mogą zawierać następne podkatalogi itd. Na katalog główny dysku jest przeznaczona określona dla danego typu dysku liczba sektorów (bezpośrednio za kopią tablicy FAT), a zatem katalog główny ma określoną, ograniczoną pojemność. Podkatalogi nie są ograniczone co do wielkości; są one zapisywane na dysku w sposób identyczny jak pliki użytkowe.